probabilmente le linee dei vari poligoni che hai ricostruito non sono perfettamente allineate e sovrapposte, perchè l'aggancio dei nodi si attiva anche sull'immagine di base dove in un punto non c'è un solo nodo ma sono due molto ravvicinati, quindi avresti dovuto zoomare un pò per evitare "l'aggangio" sul nodo sbagliato.
Ad ogni modo adesso dovresti avere tutti oggetti poligonali separati e puoi gestirli in modo più preciso spostando i singoli nodi dei vertici per farli coincidere nelle parti dove rimane quello "distacco" tra i colori
PS
non capisco quel punto sulla fronte, hai veramente il "bindi" ?