La tua domanda non è molto chiara, ti rispondo per come ho capito:
-- Partiamo da quando tu hai aperto il file
CE.eps con Inkscape;
-- hai il logo CE, seleziona tutto e
Modifica/Copia;
-- apri il disegno "Dispositivo Medico" che hai preparato;
--
Modifica/Incolla, il logo CE viene inserito in alto a sinistra;
-- lo posizioni, lo lavori e quando soddisfatto salva il tutto.
Ho capito bene?