Ciao @andreamoro,
mmm.. su linux questo problema non esiste.. aperto con Inkscape modificato e poi fatto "salva come pdf" il file rimane perfetto. Sono convinto che sia una questione di font, forse non di ottima qualità, forse non gestiti correttamente da Inkscape o Visio (che non conosco).
Ovviamente convertire tutto il testo in tracciati, sia con Visio che con Inkscape rimedierebbe agli errori... Se il sistema lo contempla, prova, invece di fare "salva come", a fare STAMPA su Pdf (o su PS)....