Io comunemente uso fare la favicon 32x32, come fanno quasi tutti.
O persino 64x64, se hai inserito il retina.js.
Il sistema che uso è esportare come png, aprire con Gimp e poi la adatto e esporto in formato Icona Microsoft Windows (.ico).
Se le lettere fossero problematiche, metti solo la prima o ritaglia una parte del logo.
La favicon deve essere solo riconoscibile e identificante