Buongiorno.
Che io ricordi, l'esportazione di un .pdf riguarda solo la pagina ("viewport") e non l'intero disegno. Ciò che è sulla pagina viene esportato, tagliando ciò che ne cade fuori.
Per gli altri problemi, potrebbe essere utile segnalare il bug agli sviluppatori. Sarei curioso di sapere se magari gli oggetti "ribelli" sono stati creati con un Effetto su tracciato, ad esempio. Nel caso, si devono trasformare in tracciati "puri" (Tracciato/da oggetto a tracciato).