Certamente, è corretto quello che dici, e naturalmente esiste la spiegazione; scusa non avevo capito il problema.

Le proiezioni collegate, non so se per un bug, o, è possibile, per qualche funzione particolare, non si comportano come un normale tracciato, ma conservano la posizione di sfumatura indipendentemente dal pulsante attivato, anche al di fuori dei gruppi: si vede benissimo se è attivato il gradiente e non si spostano da sole; è evidente che hai spostato l'oggetto dalla posizione di origine nel corso del lavoro (oviamente è una cosa del tutto normale!).

Puoi correggere facilmente il problema, basta che prima di separarle selezioni il gruppo e fai menù/tracciato/da oggetto a tracciato, in modo che le proiezioni diventino semplici tracciati, e quindi comportino di conseguenza seguendo le regole dei normali tracciati.

Compimenti @sil, davvero un bel lavoro!
Vedi... Inkscape quando crea un riempimento sfumatura, non crea sfumatura colore/(bianco), ma colore/(stesso colore a trasparenza totale). Perché per Inkscape la trasparenza è strutturale al colore, a differenza degli altri programmi vettoriali tipo corel Draw o Illustrator; Chiare1 e chiare2 hanno colori da tinta a tinta con trasparenza, per questo non ti trovi, e ti sembra di perdere le sfumature... cambia i colori della sfumatura (paletta riempimento/modifica/stopxxxx).

Per i consigli ha già detto tutto @spaventapasseri...