Allora: due cose.
Prima di tutto importare un PDF in Scribus, con o senza note, non ti dà la possibilità di gestirlo: Scribus nasce per produrre PDF, non per la modifica di PDF, quindi anche se la versione 1.5 ha fatto passi avanti in questo senso, quando lo apri troverai tutti i caratteri convertiti in tracciati, tanto per rendere l'idea.. Molto meglio Inkscape per la modifica di PDF, molto meglio, anche se apre una pagina alla volta.
In secondo luogo le note a piè pagina sono molto affascinanti ma molto instabili. Facendo delle prove, tempo fa, ho incontrato molti crash non solo nel corso del lavoro, ma spesso anche gli stessi file di prova, salvati senza errori, con poco contenuto, non si riaprivano più se contenevano note. Volevo fare un post qui proprio settimana scorsa, per avvisare gli utenti a cui avevo fatto una piccola presentazione di queste nuove funzioni per avvisarli:
http://inkscapeforum.it/scribus/finalmente-le-note-a-pie-pagina/In pratica, anche se lo apri e salvi non è per nulla certo che sia di nuovo accessibile.
Questo problema si è molto accentuato negli ultimi mesi, il che significa che ci stanno lavorando a fondo, ma significa anche chele note rigorosamente non sono utilizzabili per lavoro di produzione.
Detto questo, conosco abbastanza la bestia da azzardare una soluzione: di solito quel tipo di messaggio di errore è dovuto a mancanza di RAM. Se hai tipo 4 giga di RAM, come me, non provarci nemmeno, ma se hai accesso ad un computer con molta più RAM è possibile, non certo, che tu riesca ad aprire i tuoi files; in ogni caso se vuoi avere la durabilità del documento escludi le note.
Spero di aver chiarito il quadro della situazione..