File/Salva come modello viene usato per creare semplicemente un file con le
tue impostazioni personali,
in pratica un
"template" per avere pronto un nuovo documento con tutte le impostazioni (layout, colore, misure etc.) predefinite, così da abbreviare significativamente il lavoro,
usarlo solo per memorizzare palette mi sembra un uso improprio.
Se per "palette" intendi i pannelli o le finestre agganciabili allora vai su:
Modifica/Preferenze/Interfaccia/Finestre e lì hai tutte le regolazioni per il tuo flusso di lavoro però,
non so se questo vale anche per il secondo monitor (non ho modo di provarlo).